Em 1993, ano em que o II ENEJ ocorreu em Salvador, foi fundada a FEJESBA (Federação das Empresas Juniores do Estado da Bahia). Suas atividades duraram aproximadamente 02 anos e, em 1999, com propostas estruturais mais consistentes e com o comprometimento mútuo dos envolvidos, foi realizada a assembléia de fundação da UNIJr-BA (a atual Federação das Empresas Juniores do Estado da Bahia).

No fim de 2001 a UNIJr-BA elaborou o primeiro planejamento estratégico da instituição. Este contemplou a visão, missão, valores, objetivos estratégicos, metas e medidas, dando um caráter mais profissional e participativo à gestão da Federação.

No ano de 2003, promoveu o XI ENEJ, ocorrido em Salvador. O evento, dentre outras coisas, apresentou o resultado da articulação e trabalho de mais de 03 anos da UNIJr-BA e outras Federações Estaduais existentes até então culminando com a criação da Brasil Júnior (Confederação Brasileira das Empresas Juniores).

A UNIJr-BA atualmente está imbuída, dentre outras coisas, da difusão do potencial e importância do Movimento Empresa Júnior baiano, demonstrando o impacto proveniente das ações e projetos no desenvolvimento sócio-econômico do Estado. Aliado a isso, a Federação busca realizar cada vez mais projetos multidisciplinares na busca por um maior impacto das Empresas Juniores no desenvolvimento sócio-econômico da Bahia e do Brasil.